Ingénieur d'études en analyse des données NGS et reséq…
Emplacement
ParisFrance
France
Contrat
À plein temps, Durée indéterminéeDate de publication:
2026-09-17Online to:
2026-11-16EUR 20.00 HOUR
Ingénieur d'études en analyse des données NGS et reséquençage H/F
- UNIVERSITE PARIS CITE
- France
- 9 heures il y a
<ul>
<li>Offre d'emploi d'Université Paris Cité, UAR 3633 Structure fédérative de recherche Necker (SFR Necker)</li>
<li>Référence de l'offre : 21238</li>
<li>Cadre de l'offre d'emploi Catégorie A Personnel non enseignant (BIATSS) BAP A - Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement Corps IGE RF - INGENIEUR D'ETUDES (RECH ET FORM)</li>
<li>Emploi-type REFERENS Ingénieur-e biologiste en traitement de données</li>
<li>Date de publication 16/09/2026</li>
<li>Date souhaitée de prise de fonction 01/12/2026</li>
<li>Localisation ou site du poste Paris 15 (75015)</li>
<li>Zone à Régime Restrictif Non</li>
<li>Susceptible d’être vacant Oui</li>
</ul>
<p><strong>RÉSUMÉ DU POSTE</strong></p>
<ul>
<li>Gérer les données en provenance des plateformes de séquençage.</li>
<li>Veiller à la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses réalisées.</li>
<li>Assurer le lien avec la plateforme génomique de la SFR Necker et de l’institut Imagine.</li>
<li>Participer à l’évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l’analyse des données génomiques</li>
</ul>
<p><strong>PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D'ACCUEIL DU POSTE </strong></p>
<p>La Structure Fédérative de Recherche (SFR) Necker est une unité mixte de services, reconnue par trois tutelles, l’Université Paris Cité, l’Inserm, et le CNRS. La SFR Necker a pour mission de développer et d'optimiser les plateformes technologiques et de contribuer à l’animation scientifique du site Necker. Elle est au service des équipes de recherche du site Necker mais est également ouverte aux équipes externes.</p>
<p><strong>DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS </strong></p>
<ul>
<li>Suivi opérationnel des projets de reséquençage. Lancement des pipelines d’analyse et contrôle qualité des données.</li>
<li>Préparation, structuration et intégration des données dans les bases de données de la plateforme.</li>
<li>Collaboration avec les différentes plateformes et les utilisateurs pour répondre efficacement aux besoins et fluidifier les process.</li>
<li>Documentation des analyses et gestion de la traçabilité.</li>
<li>Participation à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.</li>
<li>Participation à des réunions, formations, congrès et groupes de travail.</li>
<li>Veille scientifique et technologique sur les technologies de séquençage et d’analyse bioinformatique.</li>
</ul>
<p>Encadrement Non</p>
<p>Conditions particulières d'exercice Respect de délais contraints pour certains projets prioritaires ou à caractère diagnostique</p>
<p> </p>
<p><strong>Connaissances </strong></p> <ul> <li>Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.</li> <li>Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).</li> <li>Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.</li> <li>Environnements de calcul haute performance (HPC).</li> <li>Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.</li> <li>Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle</li> <li>Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…</li> <li>Anglais scientifique et technique</li> </ul> <p><strong>Savoir-faire – Compétences opérationnelles</strong></p> <p>Bioinformatique et génomique</p> <ul> <li> Connaissance des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.</li> <li> Connaissance des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read.</li> <li> Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.</li> <li> Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.</li> <li>Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et desstandards de qualité associés.</li> </ul> <p>Informatique et gestion des données</p> <ul> <li> Maîtrise des environnements Linux/Unix.</li> <li> Connaissance des langages de script (Bash, Python, Perl ou équivalent).</li> <li> Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).</li> <li> Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.</li> <li> Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC)</li> <li> Connaissance des ordonnanceurs de tâches (Nextflow, Snakemake ..)</li> </ul> <p><strong>Savoir-être – Compétences comportementales </strong></p> <ul> <li>Sens de l’organisation.</li> <li>Rigueur scientifique et méthodologique.</li> <li>Aptitude au travail en équipe.</li> <li>Autonomie et capacité d’initiative.</li> <li>Qualités relationnelles et pédagogiques.</li> <li>Réactivité face aux demandes urgentes</li> </ul> <p>Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant) Niveau II - Bac+3 Licence, Licence professionnelle</p>
<p>REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE</p> <p>Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.</p> <p>Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.</p> <p>Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.</p> <p>Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.</p> <p>Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.</p>
<p><strong>Connaissances </strong></p> <ul> <li>Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.</li> <li>Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).</li> <li>Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.</li> <li>Environnements de calcul haute performance (HPC).</li> <li>Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.</li> <li>Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle</li> <li>Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…</li> <li>Anglais scientifique et technique</li> </ul> <p><strong>Savoir-faire – Compétences opérationnelles</strong></p> <p>Bioinformatique et génomique</p> <ul> <li> Connaissance des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.</li> <li> Connaissance des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read.</li> <li> Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.</li> <li> Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.</li> <li>Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et desstandards de qualité associés.</li> </ul> <p>Informatique et gestion des données</p> <ul> <li> Maîtrise des environnements Linux/Unix.</li> <li> Connaissance des langages de script (Bash, Python, Perl ou équivalent).</li> <li> Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).</li> <li> Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.</li> <li> Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC)</li> <li> Connaissance des ordonnanceurs de tâches (Nextflow, Snakemake ..)</li> </ul> <p><strong>Savoir-être – Compétences comportementales </strong></p> <ul> <li>Sens de l’organisation.</li> <li>Rigueur scientifique et méthodologique.</li> <li>Aptitude au travail en équipe.</li> <li>Autonomie et capacité d’initiative.</li> <li>Qualités relationnelles et pédagogiques.</li> <li>Réactivité face aux demandes urgentes</li> </ul> <p>Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant) Niveau II - Bac+3 Licence, Licence professionnelle</p>
<p>REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE</p> <p>Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.</p> <p>Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.</p> <p>Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.</p> <p>Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.</p> <p>Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.</p>
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