Responsable du pôle "Analyse des données et reséquença…
Emplacement
ParisFrance
France
Contrat
À plein temps, Durée indéterminéeDate de publication:
2026-09-17Online to:
2026-11-16EUR 20.00 HOUR
Responsable du pôle "Analyse des données et reséquençage" H/F
- UNIVERSITE PARIS CITE
- France
- 1 jour il y a
<p>Offre d'emploi d'Université Paris Cité, UAR 3633 Structure fédérative de recherche Necker (SFR Necker)</p>
<ul>
<li>Référence de l'offre : 20372</li>
<li>Cadre de l'offre d'emploi Catégorie A</li>
<li>Personnel non enseignant (BIATSS) BAP A - Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement Corps IGE RF - INGENIEUR D'ETUDES (RECH ET FORM)</li>
<li>Emploi-type REFERENS Ingénieur-e biologiste en traitement de données</li>
<li>Date de publication 03/07/2026</li>
<li>Date souhaitée de prise de fonction 01/11/2026</li>
<li>Localisation ou site du poste Paris 15 (75015)</li>
<li>Zone à Régime Restrictif Non</li>
<li>Susceptible d’être vacant Oui</li>
</ul>
<p><strong>RÉSUMÉ DU POSTE</strong></p>
<ul>
<li>Assurer la responsabilité scientifique, technique et organisationnelle du pôle Analyse des données et reséquençage.</li>
<li>Coordonner et superviser les activités d’analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit.</li>
<li>Encadrer et animer une équipe d’ingénieurs bioinformaticiens.</li>
<li>Garantir la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses réalisées sur la plateforme.</li>
<li>Assurer le pilotage opérationnel des projets de séquençage en interaction avec les équipes de recherche et les plateformes technologiques.</li>
<li>Participer à l’évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l’analyse des données génomiques.</li>
</ul>
<p><strong>PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D'ACCUEIL DU POSTE</strong></p>
<p>La Structure Fédérative de Recherche (SFR) Necker est une unité mixte de services, reconnue par trois tutelles, l’Université Paris Cité, l’Inserm, et le CNRS. La SFR Necker a pour mission de développer et d'optimiser les plateformes technologiques et de contribuer à l’animation scientifique du site Necker. Elle est au service des équipes de recherche du site Necker mais est également ouverte aux équipes externes.</p>
<p><strong>DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS</strong></p>
<ul>
<li>Organiser et coordonner les activités d’analyse des données de séquençage de la plateforme.</li>
<li>Superviser la production bioinformatique et garantir la qualité des résultats délivrés aux équipes de recherche et aux projets translationnels.</li>
<li>Développer et faire évoluer les pipelines et outils d’analyse de données génomiques.</li>
<li>Assurer la gestion des données et le suivi des projets de séquençage.</li>
<li>Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l’analyse et l’interprétation des données.</li>
<li>Encadrer hiérarchiquement et fonctionnellement une équipe de 5 ingénieurs bioinformaticiens : organisation des activités, définition des priorités, suivi des projets et accompagnement des personnels.</li>
<li>Participer à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.</li>
<li>Contribuer aux projets scientifiques collaboratifs et à l'évolution technologique de la plateforme.</li>
<li>Participation à des réunions, formations, congrès et groupes de travail.</li>
<li>Veille scientifique et technologique.</li>
</ul>
<p>Encadrement Oui</p>
<p><strong>Conditions particulières d'exercice</strong> Respect de délais contraints pour certains projets prioritaires ou à caractère diagnostique.</p>
<p><strong>Connaissances</strong></p> <ul> <li>Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.</li> <li>Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).</li> <li>Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.</li> <li>Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle.</li> <li>Environnements de calcul haute performance (HPC).</li> <li>Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.</li> <li>Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle</li> <li>Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…</li> <li>Anglais scientifique et technique…</li> </ul> <p><strong>Savoir-faire – Compétences opérationnelles</strong></p> <p>Bioinformatique et génomique</p> <ul> <li>Connaissance approfondie des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.</li> <li>Maîtrise des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNAseq), single-cell et long-read.</li> <li>Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.</li> <li>Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.</li> <li>Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et des standards de qualité associés. Informatique et gestion des données</li> <li>Maîtrise des environnements Linux/Unix.</li> <li>Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent).</li> <li>Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).</li> <li>Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.</li> <li>Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches.</li> <li>Connaissance des principes de gestion, de sécurisation et de traçabilité des données scientifiques.</li> </ul> <p><strong>Savoir-être – Compétences comportementales</strong></p> <ul> <li>Sens de l’organisation et des responsabilités.</li> <li>Rigueur scientifique et méthodologique.</li> <li>Esprit d’analyse et capacité de synthèse.</li> <li>Aptitude à la coordination et au travail en équipe.</li> <li>Autonomie et capacité d’initiative.</li> <li>Qualités relationnelles et pédagogiques.</li> <li>Réactivité face aux demandes urgentes.</li> <li>Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire.</li> </ul> <p><strong>Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant)</strong> Niveau II - Bac+3 Licence, Licence professionnelle</p>
<p><strong>REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE</strong></p> <p>Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.</p> <p>Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.</p> <p>Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.</p> <p>Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.</p> <p>Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.</p>
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<p><strong>Connaissances</strong></p> <ul> <li>Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.</li> <li>Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).</li> <li>Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.</li> <li>Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle.</li> <li>Environnements de calcul haute performance (HPC).</li> <li>Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.</li> <li>Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle</li> <li>Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…</li> <li>Anglais scientifique et technique…</li> </ul> <p><strong>Savoir-faire – Compétences opérationnelles</strong></p> <p>Bioinformatique et génomique</p> <ul> <li>Connaissance approfondie des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.</li> <li>Maîtrise des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNAseq), single-cell et long-read.</li> <li>Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.</li> <li>Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.</li> <li>Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et des standards de qualité associés. Informatique et gestion des données</li> <li>Maîtrise des environnements Linux/Unix.</li> <li>Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent).</li> <li>Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).</li> <li>Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.</li> <li>Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches.</li> <li>Connaissance des principes de gestion, de sécurisation et de traçabilité des données scientifiques.</li> </ul> <p><strong>Savoir-être – Compétences comportementales</strong></p> <ul> <li>Sens de l’organisation et des responsabilités.</li> <li>Rigueur scientifique et méthodologique.</li> <li>Esprit d’analyse et capacité de synthèse.</li> <li>Aptitude à la coordination et au travail en équipe.</li> <li>Autonomie et capacité d’initiative.</li> <li>Qualités relationnelles et pédagogiques.</li> <li>Réactivité face aux demandes urgentes.</li> <li>Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire.</li> </ul> <p><strong>Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant)</strong> Niveau II - Bac+3 Licence, Licence professionnelle</p>
<p><strong>REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE</strong></p> <p>Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.</p> <p>Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.</p> <p>Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.</p> <p>Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.</p> <p>Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.</p>
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